มิยาโนะ ชิโฮะ นักวิทยาศาสตร์และสมาชิกขององค์กรชุดดำที่มีโค้ดเนมว่า เชอร์รี่ ได้พัฒนายาพิษลึกลับ APTX (Apotoxin) 4869 ยาที่ทำให้ คุโด้ ชินอิจิ กลายเป็นเด็ก! อย่างไรก็ตาม เมื่อเชอร์รี่รู้ว่าองค์กรชุดดำได้สังหาร มิยาโนะ อาเคมิ พี่สาวของเธอ เธอจึงทรยศต่อองค์กรและ กินยา APTX4869 เธอจึงกลายเป็นเด็กเพราะฤทธิ์ของยา และตอนนี้เธอเรียกตัวเองว่า ไฮบาระ ไอ และได้ปกปิดซ่อนตัวเองเอาไว้ แต่... แน่นอนว่าองค์กรชุดดำอยู่เหนือเธอ(เธออยู่ในกำมือขององค์กร) สมาชิกระดับสูงขององค์กร จิน "การรวมตัวกันขององค์กรชุดดำ" และการรวมตัวที่เลวร้ายที่สุด ในรถบัสที่มุ่งหมายเอาชีวิตของไฮบาระ

ไฮบาระรู้สึกได้ถึงการปรากฏตัวของสมาชิกขององค์กรและเตรียมพร้อมสำหรับความตาย จุดไคล์แม็กเมื่อ "ผู้โดยสารลึกลับ" นามว่า เบลม็อท ผู้ซึ่งถูกต้อนให้จนมุมบนรถไฟหรู ส่วนไฮบาระ ผู้พ่ายแพ้ในการเผชิญหน้าโดยตรงกับ เบอร์เบิ้น ก็ติดอยู่ในการระเบิดของโบกี้รถไฟบรรทุกสินค้าและคิดว่าคงเสียชีวิตตามที่องค์กรชุดดำตั้งใจไว้ แต่...หลังจากผ่านอุโมงค์ ความจริงคืออะไร?