ขณะที่พวกโคนันชมวิวบนตึกเบลทรีทาวเวอร์ ตึกที่สูงที่สุดของญี่ปุ่น จู่ ๆ ก็มีกระสุนไรเฟิลไพุ่งทะลุกระจกผ่านร่างชายคนหนึ่งล้มตายลงไปต่อหน้าต่อตา คดีซุ่มยิงนี้เป็นคดีอาชญกรรมที่น่าพิศวง เพราะพบว่าจุดที่ซุ่มยิงมาจากวิถีที่ไม่น่าเป็นไปได้ ตำรวจญี่ปุ่นกับ FBI จึงร่วมมือกันและตั้งเป็น หน่วยสืบสวนคดีอาชญากรรมเฉพาะกิจ ขึ้น