หลังสงครามนินจาครั้งที่ 4 นารูโตะได้เป็นโฮคาเงะคนที่ 7 ของหมู่บ้าน และได้มีลูกกับ ฮิวกะ ฮินาตะ เรื่องราวจะโฟกัสไปที่ลูกชายคนโตชื่อ โบรูโตะ ได้เข้าในโรงเรียนนินจาพร้อมกับเพื่อนร่วมรุ่นหลายคน อยู่ในทีมของ โคโนฮามารุ ร่วมกับ ซาราดะ ลูกสาวของซาสึเกะกับซากุระ และ มิตสึกิ มีกรณีคนถูกสิงโดยเรียกว่า “โกสต์” มีเพียงโบรูโตะคนเดียวที่มองเห็นและเกิดการขโมยจักระในหมู่บ้านนินจา