เมื่อโนบิตะเกิดอยากดำน้ำไปดูปลาใต้ทะเลขึ้นมา จึงขอร้องให้โดราเอมอนใช้ของวิเศษช่วยเขา โดราเอมอนทำให้เมืองทั้งเมืองจมอยู่ใต้ทะเลเสมือนจริงและ.ยังใช้ของวิเศษเชื่อมต่อทะเลจริงๆเกับทะเลในโลกเสมือนเข้าด้วยกันเพื่อให้ปลาจริงๆเสามารถว่ายมาในโลกจริงได้ ในตอนนั้นเองได้มีเงือกสาวแสนสวยพลัดหลงเข้ามา และ.ต่อมาก็ได้รู้จักกับทุกๆเคน หลังจากที่ได้รู้ว่าเงือกสาวผู้นี้คือเองค์หญิงแห่งเผ่าเงือกที่อพยพมาจากต่างดาวเพราะสงคราม การผจญภัยจึงเริ่มขึ้นเมื่อเผ่าปลาปีศาจที่กำลังตามหาอาวุธในตำนานของเผ่าเงือก เผ่าปีศาจต้องการแย่งชิงมาครอบครองเพราะอานุภาพของอาวุธในตำนานได้กล่าวไว้ว่า ผู้ใดที่ได้ครอบครองจะมีพลังดุจเทพเจ้า พวกโนบิตะจึงร่วมมือกับเผ่าเงือกเพื่อปกป้องและ.สงครามใต้ทะเลก็เริ่มต้นขึ้น