เนตรนาคิน เป็นเรื่องราวตำนานสุดลี้ลับของ เมดูซ่า ปีศาจร้ายของกรีกที่มีผมเป็นงู ซึ่งในตำนานได้เล่าขานไว้ เมื่อใดก็ตามที่ผู้สืบเชื้อสายเมดูซ่ามีลูกสาว เด็กคนนั้นจะกลายร่างเป็นปีศาจร้าย ทำให้บรรพบุรุษต้องกำจัดเด็กผู้หญิงทุกคนที่เกิดมา จนกระทั่งเวลาผ่านไป นิโคลัส ผู้สืบเชื้อสายเมดูซ่าได้แต่งงานกับ อมรา เศรษฐินีชาวไทย และกำลังจะคลอดลูกสาวฝาแฝด สิ่งที่นิโคลัสกลัวมาโดยตลอดก็ได้เกิดขึ้น เมื่อ เฮเลน ป้าของนิโคลัสมาหา เพื่อหวังจะกำจัดลูกสาวฝาแฝดของเขา!!