ดูเอลแห่งโชคชะตาที่เดิมพันด้วยอนาคตเปิดฉากขึ้นแล้ว! หนุ่มน้อยขี้อายผู้รักเกมเหมือนชีวิตจิตใจ มุโต้ยูกินั้น เมื่อเขาประกอบชิ้นสุดท้ายของตัวต่อซึ่งมีรูปร่างราวกับพีระมิดกลับหัวลงไป อีกบุคลิกหนึ่งซึ่งถูกเรียกขานว่า "ฟาโรห์ผู้ไร้นาม" ก็ได้ลืมตาตื่นขึ้นมาภายในตัวของเขา และ.ในขณะเดียวกันที่อียิปต์เอง ตัวต่อซึ่งมีรูปร่างคล้ายแต่ต่างไปจากตัวต่อของยูกินั้นราวกับกำลังเรียกหา และ.เงาอันชั่วร้ายก็ได้ลืมตาตื่นขึ้นมาจากการหลับใหลอันแสนยาวนาน