กินโทกิได้ถูกส่งไปอนาคตในอีกห้าปีข้างหน้า ซึ่งที่นั่นเขาไม่มีตัวตน และได้รับรู้ว่าเมืองเอโดะล่มสลาย เพราะถูกโรคระบาดที่ชื่อว่าโรคสีขาว คุกคาม และทำให้ทั้งเมืองไร้กฎเกณฑ์ แล้วเต็มไปด้วยเหล่าอันธพาลและอาชญากร เพื่อที่จะแก้ไขอนาคตที่จะเกิดขึ้น กินโทจิจึงได้ร่วมมือกับเหล่าพวกพ้องที่อยู่ในอนาคตในการหาสาเหตุและกำจัดต้นตอโรคระบาดสีขาว!!!