ณ วันอันแสนสงบเหมือนอย่างที่เคยเป็นมา พวกนัทสึมิได้เที่ยวเกาะทะเลใต้ ตามคำชวนของโมโมกะ ทุกอย่างดำเนินไปอย่างสนุกสนานและ.น่าจะจบลงด้วยดี แต่อยู่ๆเนัทสึมิ ก็ถูกคนแปลกหน้าลักพาตัวลงทะเลไป โดยไม่ทราบสาเหตุ เมื่อเป็นแบบี้พวกเคโรโระ และ.ฟุยูกิ จึงยอมอยู่เฉยไม่ได้ ต้องลงสู่ใต้ทะเลลึกเพื่อพาตัวนัทสึมิกลับมาทัน

ตอนพิเศษ
"เคโระจิ๋ว ความลับของเคโร๊ะบอล!?"

ย้อนกลับไปในช่วงที่เคโรโระยังเป็นเด็กกันอยู่ กิโรโระแอบเอา เคโร๊ะบอลของพี่ชายมาเล่นแต่ด้วยฝีมือเคโรโระ กลับทำให้เรื่องเล็กๆเกลายเป็นเรื่องใหญ่ขึ้นมา