เรื่องย่อ:

ณ ท่าเรือไมซุรุ จังหวัดเกียวโต ระหว่างการเปิดให้เข้าร่วมกิจกรรมท่องทะเลไปกับเรือรบอีจีส โดยกองกำลังป้องกันตนเองโคนัน, รัน, โคโกโร่ และเหล่านักสืบรุ่นจิ๋ว ที่ตื่นตาไปกับการล่องเรือรบที่ติดตั้งอาวุธสุดล้ำสมัย แต่ทันใดนั้นก็เกิดเสียงกึกก้องดังสนั่นขึ้น ภายในเรือรบเต็มไปด้วยความวุ่นวายในไม่ช้าก็พบศพที่แขนซ้ายหายไป! ความตื่นตระหนกได้เพิ่มขึ้นเมื่อทราบว่าศพนั้นเป็นเจ้าหน้าที่ในกองกำลังป้องกันตนเอง!! ณ จุดเกิดเหตุมีร่องรอยอันน่าสงสัยหลงเหลืออยู่มากมาย.. โคนันที่มุ่งสู่การสืบสวนได้พบว่ามีสปายจากต่างประเทศไหนสักแห่งที่เรียกตัวเองว่า "X" อยู่บนเรือรบลำนี้ และแท้จริงแล้ว "X" คือใครกันแน่? เกี่ยวข้องอะไรกับเรือลำนี้กันแน่? เงาของสายลับที่สะกดรอยตามพวกโคนันประสงค์สิ่งใดกัน??....การเดินเรือที่เหนือจินตนาการครั้งนี้ซุกซ่อนการก่อกบฏครั้งยิ่งใหญ่ที่จะสั่นสะเทือนไปทั้งแผ่นดินญี่ปุ่น